太湖是国家重点治理的“三湖”之首，水体污染控制与治理科技重大专项按照“控源+治河+生境改善+综合管理”相结合的思路，针对太湖流域环境敏感和重污染等区域，开展污染控制、生态修复等，取得了阶段性成果，太湖由中度富营养变轻度富营养，治理力度还需加大，但仍面临清水资源化、后续维护难等问题。

　　除生态修复外，太湖治理还突破了多项治理技术瓶颈。如针对乡镇工业行业种类全、中小企业多、污染突出等特点，提出“产业布局优化调整—传统产业升级改造—重点行业清洁生产—末端治理—资源循环利用—多手段水环境长效管理”全过程减排模式；针对畜禽粪便堆肥碳氮损失率高、出水难达标等现状，形成养殖废弃物循环利用与区域污染减排整装成套技术；针对农田施肥量大、氮磷流失严重问题，突破养分综合调控氮磷减排，生物质能转化与农业生态循环利用技术等。控源、修复等成果还在阿根廷及云南、新疆、黑龙江、广东等18个省、自治区100多处得到推广应用。

　　据环保部提供的材料显示，通过治理，太湖流域水污染防治及富营养化控制取得了突破性进展，湖体综合营养状态由“十五”末的中度富营养转变为轻度富营养，实现水环境质量的显著改善。与2008年相比，2012年环太湖15条重点河流水质污染总体由中度转向轻度，劣五类河流由8条减少至零；氨氮、总磷入湖总量分别下降了31%、23%。

　　“接下来，还需继续优化产业结构和发展模式，提升控源力度；持续推进小流域生态治理，削减入湖污染负荷；强化湖体生境持续改善，提高湖泊环境承载能力。加快太湖流域治理的长效机制建设，实施统一监管。”中国环境科学研究院副院长郑丙辉研究员说，太湖流域涉及江苏、浙江、上海等地，需统一监管、落实职责和生态补偿等机制，继续加大投入力度。