我国污水处理设施运营存在四大问题：

一是污水处理工程造价弄虚作假严重，主要监控设备质量差，无法使用。审计的7个市县污水处理项目，发现施工企业虚增工程造价2.19亿元，造假率达到30%，涉嫌违法。价值2046万元的设备(占设备总值的18%)不能正常使用，特别是中央控制和自动监控等核心设备故障多，形同虚设。建成后资产移交工作拖拉推诿，问题资产基本处于无人管理状态。

二是受托污水处理运营企业没有认真履行合同约定的服务要求。污水处理量只有合同约定的62%，却按100%收费，该扣减的费用也没有扣除；污水处理后尾水长期未达标问题普遍存在，甚至为节约运营成本放任污水直排。审计还发现有的厂编造三套数据以及虚假运营资料，应付各种上报和检查，并且拒绝和阻挠审计部门的检查。

三，污水处理运营几乎处于无监管状态，导致污水处理厂运营管理出现诸多问题。

四，由于管网建设滞后，有15个市县的污水集中处理率平均仅为48%，远没有达到2012年75%的目标，平均运行负荷率仅为36%，运行3年多仍未通过正式环保验收。未对污泥进行无害化处理，留下二次污染隐患。

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