医院污水消毒的第一种方法是二氧化氯(ClO2)消毒法：由于二氧化氯中氯离子。具有较高的氧化能力，消毒能力较以上消毒剂强，反应时间短，有研究指出，其清毒效果是次  氯酸钠的 5 倍。二氧化氯制备方便，且不会产生显著的有毒有机氯化物，是大型综合性 医院污水处理站的首选。

      但由于二氧化氯不稳定，所以，在医院污水消毒的过程中，二氧化氯必须现场制备，现场使用，二氧化氯制备设备较复杂，与空气混合时存在爆炸的可能，对二氧化氯医院污水消毒管理要求较高。

        医院污水消毒的第一种方法是次氯酸钠(NaOCl)消毒法：次氯酸钠(NaOCl)运行费比较低，在医院污水消毒的使用过程中无有毒副产品，但因次氯酸钠(NaOCl)消毒机理和次氯酸钠(NaOCl)消毒能力与液氯相同，会产生有毒的有机氯化物，使医院污水的 pH 值升高，且有废渣产生，因此正逐步被取代。