近五年来，苏州河总体水质状况略有好转，黄浦江、长江口、区县考核河道水质状况基本持平，近年来上海不断加大截污治污力度，全市地表水环境质量持续改善，但氮磷污染导致的水体富营养化问题日益突出，成为限制水环境质量进一步改善的关键因素之一。 

但是作为开放式水源地，黄浦江还是面临污染风险。在“2013民生访谈”中，市环保局局长张全曾表示，黄浦江到目前还是开放性流域，把黄浦江几个取水点用一个管子连起来的工程正在做，这个好处就是一旦哪个点翻船了可以互相暂时调剂一下，而今后要考虑如何解决它的开放性问题，这个风险是针对突发性事情。 

目前上海正研究在黄浦江上游建设水源湖，解决开放式水源地的安全保障和水质提升问题。市环保局有关负责人表示，上海确实在研究把黄浦江上游由开放式水源地变为封闭式水源地，就是建设一个围堰，类似一个小水库，一旦出现污染，可以及时关闭，由此规避航运等所带来的水污染风险，目前这个项目正在研究论证过程中。