与大气和水污染相比，土壤修复显得更加困难。农业部农产品产地土壤重金属污染防治专家组成员、中国农业大学资源与环境学院教授苏德纯表示，不仅土壤污染危害严重，并且与一些有机污染物不同，土壤中的重金属无法降解，与土壤分离难度非常大，修复非常困难。

中国科学院地理科学与资源研究所环境修复研究中心主任陈同斌也曾表示，即使是轻度污染的地方，要除掉土壤中的重金属最快也要三到五年。

“理论上说，重金属污染土壤是可以被修复的，但完全恢复其生态功能很难。”陈世宝对《经济参考报》记者表示，目前，世界各国针对重金属污染土壤提出的修复措施有很多种，污染土壤修复主要包括两大原理：遏制(in-aiturem ediation)与去除(rem ove，ex-situ)，基于上述两大原理，污染土壤修复主要有隔离包埋、固化稳定、热冶分离、化学稳定、电动修复、客土和翻土、土壤淋洗及生物修复等(包括植物修复)，但每种措施都存在一定的应用局限性，并存在或多或少的其他问题，其中有些甚至是难以克服的技术难点。“重金属一旦进入土壤，再进行修复非常困难，需要花费大量的时间和经费。”陈世宝说。

以上世纪70年代日本富山县土壤修复为例，一共863公顷(12945亩)农田，总共投入3.4亿美元，花费了33年时间进行客土法修复完成，平均每亩修复费用近18万元人民币。

值得注意的是，日本对于大米的镉限量标准为0.4m g/kg，而我国镉米限量值仅为0.2m g/kg，健康风险控制是要严于其他发达国家的，大米中镉限量标准严，意味着土壤中镉的质量标准也相应地严格。陈世宝表示，以日本镉污染土壤修复案例来说，如果按照我国大米镉标准，那么修复成本和时间将更加巨大，修复措施也更加困难。

专家表示，相对来说，在土壤修复过程中，客土法成本更昂贵。但据业内人士透露，即使采取较便宜的办法如植物修复法修复土壤，每亩的修复成本也达到两万元，还需连续种植数年，总投入数额惊人。如果按照每亩地修复成本两万元、以罗锡文所称全国3亿亩耕地重金属污染计算，总体算下来，我国耕地修复总体所需资金将达6万亿元。