尽管我国再生水利用量逐年增加，已形成多种处理技术工艺，但污水再生利用实践中仍面临着六大问题。

第一，高品质再生水的大量需求引发的技术改造问题。由于缺水，全部的污水处理厂都要改造成再生水厂，由此便引发了大规模的技术改造问题。

第二，不同用户的供水方案各不相同。面对景观用水、工业用水等在内的多种用户，污水再生处理设施如何实现供水？“这将是包括管网规划和水质管理在内的一个复杂的供水系统”。

第三，再生水设施的运行保障措施的新要求。当污水处理厂改造为再生水设施以后，对运行保障提出了新的要求：即要根据用户的需求保障供水的稳定性，不能因来水的变化而间歇性供水。

四是再生水设施的安全设计规模要求的提高，要改变过去污水处理厂双路供电的模式，保障运行的稳定性，以满足用户需求。

五是上游超标废水排放的控制更加严格。

六是初期雨水的再生处理与利用问题。尤其是雨季大量的水排到污水处理厂，对于污水处理的冲击很大，后续的再生水运行管理也随之更加困难。

对于未来再生水技术体系的发展，要不断开发和实践稳定、高效、节能的再生水新技术和新工艺，加强深度技术的针对性（氮、磷），运行的稳定性和经济性，管理的简便性和经济性，应用的规模性，以及水质安全保障等方面的研究；同时建立起完善的再生水预警技术和监管系统。

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