经济规模偏小决定了小城镇污水处理设施建设和运行的投资和技术力量相对薄弱。污水处理是资金密集型工程，不仅需要投资建设污水处理厂和相应的污水收集管网，而且污水处理厂的日常运行费用也非常高昂。
此外，小城镇经济发展水平偏低，对专业技术人员的吸引力有限，也会影响污水处理厂的管理和维护工作。自成体系的小城镇污水处理设施建设模式，一定程度上导致了低水平重复建设问题的普遍存在，一方面造成已有设施处理能力和建设资金的极大浪费，同时，因不能形成适宜的设施建设与处理规模，大大降低了污水处理设施的运行效率，工程投资效益难以充分发挥。
