在援建工程启动前，玉树地区还没有污水处理厂。全厂占地总面积72.6亩，处理规模设计为日处理能力1.5万吨。

玉树结古镇污水处理厂包括厂前区、污水预处理区、污水处理区、污泥处理区四个部分，具体分为砂水分离间、生物池、沉淀池、滤布滤池等21个构筑和建筑项目。污水处理厂出水水质执行的是国内最高的一级A标准。

为了应对高寒的条件，在设计中，除进水提升泵房、旋流沉砂池、生物池、污泥泵房、贮泥池外，其他所有污水处理的构筑物，设备等均设置于室内，不得不放在室外的设备，也都加盖保温层处理，尽量做到污水表面不在日光下暴露。针对处理污水时产生的臭气，污水处理厂内还专门设置了生物土壤除臭区域——将臭气由收集系统经风机排入到专门铺设的布气管系统，之后进入加强型活性土壤层进行除臭处理。当臭气接触含有大量微生物的透气土壤介质时，就会被微生物完全氧化，转化为二氧化碳和水。

今年10月，玉树结古镇污水处理厂一期工程将投入使用，日处理污水能力达到1.5万吨，完全能够满足玉树地区居民的需要。未来二期工程结束后，处理能力还将达到每天3万吨。